河川各段的湖泊具有吸收與儲存洪水，調節水位的功能。當大雨滂沱時，湖泊可容納大量的洪水，水中的植物也可以阻緩洪水的速度。不過，由於人類的開發，湖泊正在不斷的消失，而生棲於湖泊的珍貴、稀有生物也隨著滅絕。
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鴛鴦湖
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東亞黑三稜(花)
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東亞黑三稜
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嘉明湖
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浮葉植物─小莕菜
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挺水植物─水毛花
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沉水植物─台灣水韭
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屏東恆春的龍鑾潭
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紅冠水雞
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鴛鴦雄鳥
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小水鴨
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負子蟲
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金線蛙
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